Özellikle rutubetli ve sıcak bölgelerde yetiştirilen yem bitkilerine, yetiştiği yerin ekolojik şartlarına, bakım ve idare sistemlerine, bitki türüne bağlı olarak bazı hastalık, haşere ve yabancı otlar zarar vermektedir.
Özellikle rutubetli ve sıcak bölgelerde yetiştirilen yem bitkilerine, yetiştiği yerin ekolojik şartlarına, bakım ve idare sistemlerine, bitki türüne bağlı olarak bazı hastalık, haşere ve yabancı otlar zarar vermektedir. Tohum veya ot için yetiştirilen yem bitkilerine bir takım haşereler arız olmaktadır. Yem bitkileri tesislerindeki haşereler insektisitlerle (böcek öldürücü ilaçlar) kontrol edilmelidir. Kullandığımız ilaçlar yalnız zararlı haşereleri öldürmeli, fakat dölleyici ve faydalı diğer haşerelere zarar vermemelidir.
Eğer yem bitkileri sıhhatli büyüyorlarsa ve kültürel işlemler uygun bir şekilde ve zamanında yapılıyorsa hastalıklara dayanıklılıkları artar ve hastalıktan daha az zarar görürler. Bununla birlikte hastalıklarla mücadele için, hastalıklara dayanıklı çeşitler kullanılmalı, uygun ekim nöbeti (münavebe) uygulanmalı, temiz bir tarlaya ekim yapılmalı, sistemik hastalık mikrobunu öldürücü ilaçlar (fungusit, bakterisit vb.) kullanılmalı,hastalıklı bitki anızları yakılmalıdır.
Özellikle tohum üretiminde yabancı ot kontrolü başlı başına problemdir. Yabancı otların kontrolü yetiştirilen yem bitkisinin türüne, yabanı otun cinsine ve ekolojik faktörlere bağlı olarak değişir. Küçük bir yıllık yabancı otlar, ekimden önce tarlada yapılacak sathi bir sürüm, diskaro, kazayağı ve tırmık gibi aletlerle yok edilebilir. özellikle sıraya ekilmiş yem bitkilerinde kültürel metotlarla başarılı bir yabancı ot mücadelesi yapılabilir. Eğer kültürünü yaptığımız bitki buğdaygil yem bitkisi ise selektif herbisitler kullanılarak kimyasal mücadele yapılabilir. Baklagil yem bitkilerinde ise henüz selektif herbisitlerle yabancı ot mücadelesi henüz yapılmamaktadır. Yabancı ot içersinde en büyük problem olarak karşımıza çıkan bitki küsküttür. Bu konu yonca yetiştiriciliğinde ele alınacaktır.