Bir yıl önce kullanılan kasa, sırık ve askı gibi malzemeler %10’luk çamaşır suyu içeren su (100 L suya 2 L çamaşır suyu) ile temizlenmelidir. Depolanacak olan kavun meyveleri depoya getirildikten sonra ilk olarak varsa üzerlerindeki toz ve toprak artıkları temizlenerek (elbise fırçası gibi yumuşak ve kuru bir fırça kullanılabilir) bulaşma riski minimuma indirilmeye çalışılır.
Meyveler karbonatlı suda (2 kg karbonat/100 L su) 2 dakika bekletildikten sonra gölgede, temiz bir zemine serilip kurutularak da depolanır. Depolama sıcaklığı 10-15ºC arasında tutulmalı, özellikle Kırkağaç kavunlarında 10ºC nin altına düşmemelidir. Yoksa kışlık kavunlar üşüme zararına hassas olduklarından depolama sırasında meydana gelen sıcaklık düşüşlerinden etkilenmekte ve sıcaklık tekrar yükseldiğinde üşüme zararı belirtileri göstererek bozulmaktadırlar.
Kırkağaç kavunlarında %80-85 oransal nem, daha uzun süre dayanım açısından önerilebilir.
Depolar sık sık kontrol edilmeli ve aşırı olgunlaşma gösteren veya bozulmaya başlamış meyveler derhal depodan çıkarılmalıdır. Depo içerisindeki hava nemini mümkün olduğunca düşük tutulmalı, depo içeride kavun kokusu olmayacak şekilde havalanlandırılmalıdır.