Tohumluk ve çeşit seçimi çok önemlidir. Yetiştirilecek karpuzun erkenci, başta fusarium olmak üzere hastalıklara dayanıklı, depolamaya ve nakliyeye mukavemetin iyi, verimin de yüksek olması istenir.
Günümüzde standart ve hibrit tohumlar kullanılmaktadır. Örtü altında ekim alanlarının tamamında F1 hibrit tohumlar kullanılır. Karpuz yabancı döllenen bir bitki olması nedeniyle çok kolay açılım göstereceğinden son yılarda kullanım alanı genişleyen F1 hibrit çeşitleri de birinci yılın hemen sonunda açılım göstereceğinden bunların tohumu bir kez kullanılır. Aksi halde verim düşer. Bölgemizde çok sayıda tohum firması tarafından pazarlanan yüksek verimli, kaliteli, çekirdekli ya da çekirdeksiz karpuz çeşitleri bulunmaktadır.