Birçok yabani mantar doğadan toplanıp yenebilir ve çoğunun kültür türlerinden daha lezzetli olduğu söylenir. Fakat doğal yetişmiş mantarları toplayan kişi bu konuda uzman olmadığı takdirde zehirlenme ve ölümlerle karşılaşılabilir. Çünkü bazı mantarların çok küçük bir miktarı bile insanı öldürecek kadar zehirlidir. Zehirli mantarları zehirsizlerden ayırmak için genel bir kural yoktur.
Yenebilen ve zehirli, mantarlar yan yana yetişebilirler. Bazı yenebilen ve zehirli türler birbirine o kadar benzer ki bunu ancak bir mantarbilimci ayırt edebilir. Zehirli mantarların tadı yenebilen mantarlarınkinden farklı değildir. Etinin rengi, kokusu ve tadı ile bir mantarın zehirli olup olmadığı anlaşılamaz.
Mantarların insan ve hayvanlarda oluşturduğu hastalıklara genel anlamıyla "mikoz" denir. Tropikal ülkelerde mikozlar yaygındır. AIDS, kanser, şeker hastalıkları, organ nakli gibi durumlarda doğal veya yapay olarak bağışıklık sistemi baskılandığı için mantar enfeksiyonları ortaya çıkabilir. Mantar sporları havaya karışarak insanda alerji ve astıma sebep olabilirler. Bitkilerde parazitik mantarlar hastalıklara neden olurlar. Bazı mantar türleri bitkiler üstünde yaşar ve besinini bitkilerden sağlar. Bitki öldüğündeyse kendi besinini üreterek yaşamını sürdürür. Özellikle tek cins ürüne dayalı tarımda (patates, pirinç gibi) büyük kayıplara yol açabilirler. Örneğin 1840'lı yıllarda İrlanda'da baş gösteren kıtlığa patates mildiyösü (Phytophthora infestans) neden olmuştur. Bu felaketten dolayı bir milyondan fazla insan ölmüştür. 1943'de ise Bengaldeş'de Helminthosporium oryzae diye bilinen tür, pirinç ürününü yok ederek kıtlığa neden olmuştur.
Ayrıca, mantarlar hakkındaki yanlış inançlar da zehirlenme olaylarını arttırıcı etki yapar. Zehirli mantarları salyangozların yemediği, ağaçlarda yetişen mantarların zehirsiz olduğu, mantarı yoğurtla yemenin zehirlenmeyi önlediği, zehirli mantarların iç kısmının koparılınca mavileştiği ve kurutulmuş mantarların zehirlemediği gibi bilgiler yanlıştır. Bu bilgilere güvenerek mantar yemek kesinlikle doğru değildir.
Mantarlar, ılıman iklimlerde elbiselerin, kameraların, teleskopların, mikroskopların ve diğer optik malzemelerin küflenerek zarar görmesine neden olurlar. Petrol ürünleri, deri gibi organik maddeler de mantarların besin olarak kullandığı ürünlerdir. Çürükçül mantarlar aynı zamanda tomruk ve kerestelerin, ağaçtan yapılmış eşyaların çürüyerek kullanılamaz hale gelmesinden de sorumludurlar. Ayrıca evlerde, marketlerde besinleri bozarak milyarlarca dolarlık zarara neden olurlar. Gıdalarda oluşturdukları mikotoksinlerle toksik zehirlenmeler yol açabilirler. Özellikle okratoksinler ve aflatoksinler, böbreklerde ve karaciğerde hasarlara neden olurlar. "Çavdar mahmuzu" diye bilinen mantar, çavdarın ununa karışıp yenmesiyle ergotizm denilen hastalığa neden olmaktadır. Bu hastalık hayvanlarda ve insanlarda yavru düşüklüğüne neden olmakta ve ölümlerede yol açabilmektedir. Bazı mikotoksik mantarlar Vietnam ve Afganistan'da biyolojik silah olarak kullanılmıştır.