Ayçiçeğinin ülkemizde en önemli zararlısı orobanş parazitidir. Ancak bu parazite dayanıklı hibritler piyasada mevcuttur. Bunun yanında ülkemizde bazı yıllarda ve bölgelerde problem olan diğer hastalıklar ise, ayçiçeği mildiyösü, sap, kök ve tabla çürüklükleridir. Yazı yağmurlu geçen yıllarda, tabla çürüklükleri (Rhizopus, Botrytis) yoğun olarak görülmektedir. Ayçiçeğinin en önemli problemlerinden olan ayçiçeği mildiyösüne karşı ise, hibrit tohumlar Metalaxyl ile ilaçlı olup, hastalık %100 oranında kontrol edilmektedir.
Ancak özellikle sulu alanlarda ortaya çıkan Sclerotinia kök ve sap çürüklüğüne karşı dayanıklı çeşit olmayıp, hastalığı yüksek etkin biçimde kontrol eden ilaçlı mücadelesi de yoktur. Ülkemizde ekonomik zarar eşiğini aşan ayçiçeği zararlıları şu an için mevcut değildir.