Konvansiyonel tarımda çoğunlukla aynı tip ürün/ürünler sürekli olarak yıllarca ekilir. Bu nedenle toprağın sömürülen besin maddeleri ve mineralleri her yıl artan miktarlarda kullanılan sentetik gübrelerle tekrar toprağa verilmeye çalışılır. Sentetik gübreler toprağın mikroflorasını tahrip eder; solucanları, faydalı böceklerin topraktaki larva ya da yumurtalarını öldürür.
Tek tip ürünler, o ürünlerde zararlı olan haşerelerin yoğunluklarının artmasına neden olur. Bu ise tarım ilacı kullanımını zorunlu hale getirir. Tarım ilaçları, o ilaçlara karşı direnç mekanizmaları güçlenen haşerelerin çoğalmasını engelleyemediği için, dozajlarının ya da uygulama sıklıklarının arttırılması, hatta yeni başka ilaçların devreye sokulması gündeme gelecektir. Yoğun tarım ilacı uygulaması, bitkilere musallat olan haşerelerle birlikte onların düşmanı olan predatörlerin de yok edilmesine ve/veya böceklerle beslenen kuşların zehirlenmesine neden olur. Buna karşılık organik tarım yapılan işletmelerde haşere mücadelesi organik preperatların kullanımıyla çevredeki diğer faydalı hayvan ve böceklerin varlığını sürdürmeleri temeline dayanır.
Hayvan gübresi, doğal bitki besin elementleri, mineral katkıları, feromon tuzakları gibi ürüne doğrudan temas etmeyen biyoteknik yöntemler, iyi bir ürün münavebe planı ve özellikle yeşil gübrelemeyle yetiştirilecek ürünün ihtiyacı olan besin maddeleri sağlandığı gibi, toprağın yapısı ve toprak mikroflorası korunmuş olur. Biyolojik çeşitliliğin korunması hem organik tarımın başarısı için hem de eko-sistemin dengelerinin bozulmaması için gereklidir.