Havuçun şekli çeşitlere göre büyük değişiklik gösterir. Bu nedenle havuçta kök, kök özelliği, kökün gelişmesi ile ilgili devreler ve devrelerdeki çevre faktörleri üretimde olağanüstü önem taşır. Havuç herhangi bir şekilde zarar görmediği ve toprak şartları uygun olduğu zaman 70-80 cm kadar derinlere gidebilen bir kazık kök yapısına sahip olmakla birlikte bazı havuç çeşitlerinde 40-50 cm gibi derinliklerde kalır.
Havuşta tohum çimlenmesinden sonra kök gelişmeye başlar. Kök başlangıçta sürekli olarak boyuna büyür. Enine gelişme belli belirsiz denecek kadar az olur. İşte havucun bu gelişme dönemine birinci gelişme dönemi denir. Bu dönemde havucun gelişmesine herhangi bir şekilde çevre faktörü olumsuz bir etki yapacak olursa kökün kısa kalmasına ve eğri gelişmesine neden olur. Taşlı topraklarda havuç yetiştirilirse bu devrede kök taşı dolaşarak yanlardan uygun bulduğu bir taraftan büyür. Bu eğri büyüme kök gelişmesi devam ettikçe daha belirginleşerek havuç hasadına kadar devam eder. Birinci gelişme döneminde meydana gelecek kuraklık havuç boyunun kısa kalmasına neden olur. İster birinci ister ikinci gelişme döneminde meydana gelen olumsuz iklim faktörleri çeşidin kök gelişmesine ve havuç şekline etkili olarak çeşidin gerçek özelliklerini ortaya koymamasına neden olur. Bu nedenle çeşitlerin karşılaştırılması ve ıslah çalışmalarında çalışmanın yapıldığı yılların çevre faktörlerinin değerlendirmede birinci derecede rol oynadığını, olumsuz etkilerin yanlış değerlendirmelere yol açacağını dikkate almak gerekir. Özellikle çevre faktörlerinin olumsuz etkilerinin belirgin olduğu yıllarda tohum firmaları ile üreticiler arasında büyük anlaşmazlıkların olduğu görülür.
İkinci kök gelişmesi döneminde kök artık depo organı gelişmeye başlar. Boyuna gelişme hemen hemen tamamen durmuş olup kök hızlı bir enine gelişme gösterir. Bu dönemde meydana gelecek düşük sıcaklıklar, yetersiz güneşlenme ve besin maddesi eksiklikleri havuçta yenen kısmın ince kalmasına karotenoidlerce fakir olmasına, renginin sarı renge doğru kaymasına neden olur. Havuç çeşidi kendi havuç özelliklerini kazanamaz. Havuç üzerinde oluşan yan köklerin fazlalığı kaliteyi düşürür, yıkamayı zorlaştırır. Havucun silindirik yapısını bozar. Havuç kökünün çatallaşması da istenmez. Aslında yan kökler havuçtan fazla uzaklaştırılmadan büyümelerini dikine yaparlar.
Havuçta yenen kısım iki dokudan oluşur. Bunlardan birincisi havucun dış kısmında yer alan üzerinde yan saçak kökleri taşıyan soymuk doku, ikincisi ise havucun iç kısmında yer alan odun dokusudur. Soymuk doku daha çok renk maddesi ve vitamin içerir ve daha gevrek yapıdadır. Yan kökler bu dokunun içinden dışarıya çıkarlar. Bu dokunun havucu oluşturan dokular içinden fazla miktarda olması yönünde çalışılır.
Odun dokusu ise daha az renk maddesi içerir, daha açık renklidir. Daha sertlik, yeme esnasında zorluk yaratır, pişme sonrasında soymuk doku içinde farklı rengi ile dikkati çeker. Odun dokularda renk maddeleri birikimine az olur.