Mercimek, köklerinde yer alan ve Rhizobium adı verilen bakterilerin oluşturduğu yumrucuklar ile havanın serbest azotunu toprağa bağlar. Bu sebeple çok fazla azot ihtiyacı bulunmamaktadır. Bitkinin ilk gelişme devresinde ihtiyaç duyduğu en uygun gübre dozları saf madde olarak 2-2.5 kg/da azot ve 5.5-6.5 kg/da fosfor'dur. Bu miktarlar 12-14 kg/da DAP gübresine karşılık gelmektedir.
Gübre toprağa ekim sırasında mibzerle verilmeli, eğer ekim serpme yapılacak ise toprak yüzeyine serpilerek kazayağı veya diskaro ile toprağa karıştırılmalıdır.