Pestisitlerin hatalı kullanımlarından dolayı bitkilerde çeşitli zararlar meydana gelmektedir, ilaçların tavsiye edilen normal kullanım dozlarının üzerinde kullanılması, uygulama zamanının iyi ayarlanmaması nedeni ile yanlış dönemde uygulanması, topraktaki kalıcılığının dikkate alınmaması, uygulama sırasında rüzgarla istenmeyen yerlere taşınması ve çevre koşullarının ilaçlamaya uygun olmadığı durumlarda, pestisitler kültür bitkilerine zarar verebilirler.
Seçici özellikleri nedeniyle pestisitler içinde en çok herbisitlerin fitotoksisitelerine rastlanır. 2,4 D ester formülasyonlu herbisitler buharlaşma özelliklerinden dolayı rüzgarla taşınarak, uygulama alanının dışındaki geniş yapraklı kültür bitkilerini etkileyebilirler. Bu durumda yapraklarda şekil bozukluğu meydana gelir. Yaprak damarları birbirine paralel, yaprak kenarları ise parçalı bir görünüm alır. Diğer bazı herbisitler de yanlış kullanıldıklarında fotosentezi, lipit sentezini, hücre bölünmesini önleyebilirler. Bazı bitkilerde bir fungisit veya insektisite hassasiyet görülür, özellikle süs bitkilerinde ilaç kullanımına dikkat edilmelidir. Kabakgillerin bakirli, şeftalinin çinkolu ilaçlara hassas olduğu bilinmektedir. Ayrıca kükürtlü veya yazlık beyaz yağlı preparatlar 30 °C' nin üzerindeki sıcaklıklarda bitkilere toksik etki yaparlar.
Derin dikim, derin veya sık ekim, aşın yada hatalı toprak işleme, gübreleme, sulama, budama işlemleri ve uygun olmayan koşullarda depolama gibi kültürel işlemler de bitkilerde birtakım zararlara yol açarlar. Derin dikim, ağaç köklerinin yeterince hava alamamasına ve bitkilerin kök çürüklüklerine daha hassas hale gelmesine neden olur. Kök sistemi görevini yapamaz. Bunun sonucunda ağaçların gövdelerinde zamklanma görülebilir. Ekimde derinlik önemlidir. Her tohumun istediği bir ekim derinliği vardır. Fazla yüzmek yada derin ekilen tohum normal çimlenemez veya toprak yüzeyine çıkamaz, yada gelişen bitki zayıf olur. Aynı şekilde sık ekimde bitkilerin zayıf gelişmesine neden olur. Sık ekim sonucu bitkilerin havalanması önlenecek ve fazla nem patojenlerin enfeksiyonuna uygun bir ortam oluşturacaktır.
Aşırı toprak işleme topraktan fazla su kaybına neden olur. Sıra arası çapalamanın dikkatsiz yapılması bitki köklerinin yaralanmasına yada kopmasına neden olur. Aşırı veya düzensiz sulama bitkilerin sağlıksız gelişmesine yol açar. Hıyar gibi bazı bitkilerde acılaşma olur. Gübrelemenin az yada fazla olması da besin maddesi noksanlığı veya toksisitesi belirtilerini ortaya çıkarır. Aşın ve yanlış budama ağaçlarda zararlanmalara bunun sonucunda da verim düşüklüğüne neden olur. Budama yaralarının kapatılmaması sonucu buralardan giren patojenler bitkileri hastalandırır. Uygun olmayan koşullarda depolama bitkisel ürünlerde fizyolojik ve patojenlerin neden olduğu bozulmalarla sonuçlanır, ürünlerin kalitesi ve pazar değeri azalır.
Bu bölümde ele alınan ve bunların dışında kalan tüm tarımsal işlemlerden her birinin uygun şekilde ve zamanında yapılmaması halinde bitkiler zayıf gelişir ve sekonder etmenlerin hücumuna duyarlı hale gelirler.