Kanolanın önemli zararlıları toprak pireleri, tarla salyangozu, kanola sap hortumlu böceği, lahana kelebeği ve yaprak bitidir. Özellikle Trakya'da bazı lokasyonlarda lahana kelebeği ve Karadeniz Bölgesinde de yaprak biti zararı fazladır. Yaprakların ve çiçek saplarının öz suyunu emerek beyazlama yapmakta ve önemli verim kayıplarına neden olmaktadır. Bu zararlılar ile ilaçlı mücadele yapılmalıdır.
Önemli hastalıkları ise mildiyö, kolza kök uru, kurşuni küftür. Trakya'da hastalıklar pek yaygın değildir.