Doğal gübrelerden en önemlileri; ahır gübresi, kompostlar ve yeşil gübredir.Doğal gübreler bitki ve hayvanlardan sağlanır. Bunların en önemlisi guano denilen kurutulmuş kuş gübresidir. Bu gübrede % 12 azot ve % 12 fosfor pentaoksit vardır. Bütün doğal gübreler azot ve fosfor temin ederler. Fakat sentetik gübrelerden daha pahalı oldukları için, modern ziraatte çok az kullanılırlar. Bununla beraber doğal gübreler daha yavaş tesirli oldukları, suda daha az çözündükleri için, çim tohumlarına, yeni filizlerin köklerine zarar vermezler. Bu özellikleri dolayısıyle sebze ve çiçek yetiştiriciliğinde tercih edilirler. Doğal gübrelerin bir diğer katkısıda toprak yapısını düzeltmesidir.Bunların içinde bulunan mikroskobik canlılar toprağın işlenmesine yardımcı olurlar ancak bu tip gübrelerin yanma olarak adlandırılan bekletilme işlemi yapılmadan kullanılması zararlı ve tehlikelidir.Ahır gübresi, terkibinde bulunan azot, fosfor ve potasyum gibi bitki besin elementleri dolayısıyle, toprağı besin maddelerince zenginleştirir.Toprağa humus vererek de toprağı ıslah eder. Ahır gübresi, toprağın işlenmesini kolaylaştırır. Toprağın su tutma kabiliyetini ve havalanmasını arttırır.Genel olarak mahsul artışında gübre faktörü, % 40 gibi bir artış sağlar. Toprağa verilen gübrenin ilk üç sene verim üzerine tesir ettiği, üç seneden sonra da bu tesirin giderek azaldığı müşahade edilmiştir. içinde bulunan besin maddelerinin büyük bir kısmı ziyan olmaktadır. Onun için
ahır gübresinin saklanması çök önemlidir. Ahır gübresini gayet sıkı bir yığın halinde biriktirip, içine hava girmesine mani olacak şekilde sıkıştırmak,üstünü toprak ile kaplamak masrafsız ve en pratik bir muhafaza yoludur.