Ülkemizde soğan hasadı genellikle başları teker teker elle tutulup çekmek suretiyle veya zedelemeden çapa ile yapılmalıdır. El, çapa veya hasat makinaları ile olsun topraktan çıkarılan soğanlar,havanın yağışsız olması koşuluyla başların istenilen kıvamda kurumasını sağlamak amacıyla 4-5 gün süreyle tarlada serili olarak bırakmak gerekir.
Daha sonra daneler halinde saklanacak veya piyasaya çıkarılacak soğanlar için keskin bir çakı ile saplar kesilir. Saplar baştan 1-2 cm kadar uzaklıktan kesilmelidir. Sonra soğanlar çuvallara doldurulur ve muhafaza edilecek olanlar ambara nakledilir.
Hemen piyasaya çıkarılacak çeşitlerden ziyade uzunca süre muhafaza edilecek kışlık soğanların muhafazasında sıcaklık, nisbi rutubet ve havalandırma faktörlerinin uygun nisbetlerde bulunması gerekir. Ayrıca yığın halinde yapılacak muhafazalarda pek yüksek yığınlar halinde bırakılmaması gerekir. Yapılan denemelere göre en fazla 1 metre kadar yükseklikte yapılacak yığınlarda, ara sıra tahta küreklerle başları zedelenmeden aktarma yapmak suretiyle soğanlar uzun süre rahatlıkla korunabilmektedir. Soğan muhafazasında ikinci bir sistemde bir kısım yabancı ülkelerle ülkemizde tatbik edilen dizi veya saç örgüsü sistemidir. Bu sistem de hasattan sonra soğanların sapları kesilmeden başlar saç örgüsü şeklinde birbirine saldırılarak muntazam diziler yapılır.