Pamuk çıkışından itibaren tarladaki yabancı otların yok edilmesi için devamlı bir mücadele gerekir. Bu mücadele çeşitli yöntemlerle yapılır.
Çapalama
Tarlanın otlanma durumuna göre pamukta bir veya iki defa el çapası, traktör sıra aralarına girinceye kadar da sulamalardan sonra toprak tava gelince bitkiye zarar vermeyecek şekilde traktörle 1-2 çapalama yapılabilir.
İlaçlı Mücadele
Yabani ot ilacı ekimden 3-5 gün önce veya ekimi müteakip yahut ekimden sonra olmak üzere 3 ayrı zamanda kullanılır. Ekimden önce veya ekimi müteakip kullanılan ilaçlar dar ve geniş yapraklı tek yıllık yabani otları imha etmek için kullanılır. Ekimden sonra kullanılacak ilaçlar daha ziyade çok yıllık otları kontrol eder.